Avec la loi de programme pour la recherche et l'arrêté relatif à la formation doctorale de 2006, la France souhaite garantir une formation de très haut niveau ainsi qu'une meilleure reconnaissance du diplôme, aussi bien au niveau académique que dans les industries et les services.
Le doctorat est un diplôme de niveau BAC+8 qui délivre le grade de docteur. Après l'obtention d'un master, il s'agit de préparer une thèse s'inscrivant dans un projet à la fois personnel et professionnel bien défini. Pendant trois ans, voire plus, le doctorant est sous la responsabilité d'un directeur de thèse qui, après avoir validé le sujet, l'accompagne tout au long de ses travaux de recherche qui aboutiront à une soutenance.
Les engagements entre le doctorant et le directeur de thèse sont définis dans la charte des thèses, véritable garantie de qualité.
Au terme de la thèse, les docteurs sont généralement embauchés dans le secteur public dans les établissements d’enseignement supérieur (en tant que chercheur ou enseignant-chercheur) ou dans de recherche publique (CNRS, CEA, …), mais ils peuvent également travailler dans le privé et l’industrie.

Les écoles doctorales, des lieux de formation de haut niveau accrédités par l'État
La formation doctorale s'effectue au sein d'écoles doctorales accréditées par l'État. C'est l'agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (AERES) qui se charge de la sélection, sur la base de critères multiples : liens avec la recherche et qualité scientifique des laboratoires, procédure de recrutement des doctorants, politique de financement des thèses, potentiel d'encadrement, partenariats avec le monde socio-économique, incitation à la mobilité et à l'ouverture européenne et internationale...
Les écoles doctorales sont rattachées aux établissements d'enseignement supérieur et fédèrent des équipes de recherche au sein desquelles sont pris en charge les doctorants. Elles offrent ainsi un encadrement scientifique de haut niveau ainsi qu'une préparation à l'insertion professionnelle.

Le contrat doctoral, une véritable expérience professionnelle
Depuis 2009, le contrat doctoral remplace progressivement les contrats d'allocataire de recherche et de moniteur de l'enseignement supérieur. D'une durée de trois ans (avec la possibilité d’une prolongation d’un an), il est proposé aux doctorants – qu'ils soient recrutés par les établissements publics d'enseignement supérieur ou de recherche – et apporte les garanties d'un contrat de travail conforme au droit public avec une rémunération minimale fixée.
Depuis le 1er juillet 2010, la rémunération est de 1684,93 euros bruts si le doctorant effectue uniquement de la recherche, et de 2024,70 euros bruts s'il réalise des activités complémentaires telles que l'enseignement, des missions de conseil ou d'expertise pour les entreprises ou les collectivités publiques (« doctorant-conseil »), des missions de diffusion de l'information scientifique et technique ou encore de valorisation de la recherche. 
La candidature est ouverte aux étudiants titulaires d'un master ou d'un diplôme équivalent et est examinée localement, au niveau de l'établissement. Les conditions d’obtention du contrat doctoral sont plus souples que celles pour l'allocation de la recherche, qui imposait d'avoir obtenu son master dans l'année ainsi qu’une limite d’âge.

Les CIFRE, des moyens de rapprochement entre recherche publique et entreprises
Les conventions industrielles de formation par la recherche (CIFRE) subventionnent les entreprises qui souhaitent embaucher un doctorant, permettant ainsi de préparer une thèse au sein d'un programme de R&D en collaboration avec une équipe de recherche extérieure. L'entreprise, qui reçoit une subvention annuelle forfaitaire de 14 000 euros, verse au doctorant un salaire minimum de 1957 euros.
Financés par le Ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et mis en œuvre par l'Association Nationale de la Recherche et de la Technologie (ANRT), les CIFRE constituent des moyens de rapprochement entre la recherche publique et les entreprises et permettent également de favoriser le recrutement des docteurs.

Promouvoir la professionnalisation des doctorants
Différents dispositifs de professionnalisation sont mis en place par le  Ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche afin d'assurer la formation professionnelle des doctorants mais aussi leur insertion dans le monde du travail.
Les attachés temporaires d'enseignement et de recherche (ATER) permettent, en fin de thèse ou dans l'année qui suit, d'obtenir un CDD pour enseigner à l’université pendant un an. C'est l'une des sources principales de renouvellement des corps d'enseignants-chercheurs.
Il existe également des séminaires de sensibilisation destinés à promouvoir l'insertion professionnelle des doctorants : les doctoriales. Il s'agit d'aider les doctorants à valoriser leurs compétences acquises au cours de leur thèse lors de leur insertion professionnelle, grâce à des échanges avec les acteurs économiques.