L'établissement travaille en étroite collaboration avec les représentants institutionnels du secteur fluvial de l'économie et de l'environnement tels que :
- le Comité des Armateurs Fluviaux (CAF)
- la Chambre Nationale de la Batellerie Artisanale (CNBA)
- l'Association des Utilisateurs du Transport de Fret (AUTF)
- la Fédération des Industries Nautiques (FIN)
- l'Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Énergie (ADEME)
- le Centre d'Études Techniques Maritimes et Fluviales (CETMEF)
mais aussi avec les fédérations professionnelles dans le but de favoriser le transport fluvial : citons l'Office nationale Interprofessionnel des Céréales (ONIGC) ou encore l'Union Nationale des Industries de Carrières et Matériaux de Construction (UNICEM).
VNF se fait également promoteur du tourisme fluvial en accompagnant les collectivités territoriales et en travaillant avec l'Association des Plaisanciers en Eaux Intérieures (ANPEI), la Fédération Française des Sociétés d'Aviron (FFSA), l'Union Nationale pour la Pêche en France (UNPF), le Centre des Monuments nationaux (MONUM) et l'Association européenne de recherches et de valorisation de la culture fluviale (HCEAU).
C'est sous son initiative qu'a été créée en 2007 l'association Entreprendre pour le Fluvial, dont l'objectif est de contribuer à la relance de la filière.
En ce qui concerne la flotte, le transport fluvial est assuré par deux types d'acteurs : les artisans bateliers, qui assurent 60% du transport du fret fluvial en France, et les compagnies de navigation qui ont recours à des équipages salariés.
On dénombre environ 1500 entreprises appartenant au transport public (20% de la flotte est privée ; citons la Compagnie Fluviale de Transport – CFT – leader français du transport fluvial industriel).
